Västernorrlands Sjövärnskår är för de flesta känd för sommarlägret på Lungön, där ungdommar under nära femtio år drillats i sjömanskap, segling, rodd och navigation under några sommarveckor. Kåren sträcker sig dock ännu längre bak i tiden, redan 1922 bildades Härnösands Frivilliga Motorbåtsflottilj. Denna omvandlades 1938 till Västernorrlands Frivilliga motorbåtsflottilj. Den 1/11 1941 bildas Västernorrlands Sjövärnsflottilj efter omorganisation av den förra flottiljen.
Chefen för Västernorrlands Sjövärnsflottilj stod under befäl av chefen för Sjövärnskåren som i sin tur löd under CM, Chefen för marinen.
Efter regeringsbeslut 27/5 1981 avvecklas den militära sjövärnskåren och Västernorrlands Sjövärnskår bildas.
Västernorrlands Sjövärnskår bedriver även verksamhet i Härnösand.