Första världskriget är ett faktum i augusti 1914. Den 3 augusti proklamerar den svenska regeringen fullständig neutralitet.
Till stöd för Marinen inrättas ett antal frivilliga motorbåtsflottiljer med uppgift att utföra bevaknings- och transportuppgifter i skärgården. En av dessa är Stockholms Frivilliga Motorbåtsflottilj, SFMF som bildas den 12 december 1914, som andra flottilj efter Göteborg.

Grunden till dagens Sjövärnskår var lagd och 1915 formades riksorganisationen Sveriges Frivilliga Motorbåtskår, (SFMK), som var en av de första riksomfattande frivilliga försvarsorganisationerna i Sverige.
Följande text är ett utdrag ur tidningen Galjadeten 1942:
”Det var vid ett sammanträde med Svenska Motorbåts Sällskapet den 23 oktober 1914 som förslaget väcktes om en frivillig motorbåtsflottilj i Stockholm. Kontorschefen T. Bång och grosshandlare B. Thorsell, som båda under mobiliseringen tjänstgjort som förare av bevakningsbåtar vid Vaxholm fort, var initiativtagare. De grundade sitt förslag på den erfarenhet de fått under tjänsten som båtförare, att den föreslagna flottiljen skulle kunna bli av betydande nytta i försvarets tjänst.”

Flottiljen konstituerades den 12 december 1914, detta datum firar vi årligen födelsedag.

De frivilliga motorbåtskåren med sina frivilliga motorbåtsflottiljer hade resurser i form av personal och båtar som av formella skäl inte kunde tas i anspråk vid beredskapens början 1939. Bestämmelserna ändrades dock genom ett Kungligt brev den 17 oktober 1941 och det militära förbandet Sjövärnskåren såg dagens ljus den 1 november 1941. Förbandet omfattade 17 flottiljer med 1200 man och 470 båtar. Sjöfartskontroll blev en viktig uppgift för det nya förbandet och 22 sjökontrollstationer organiserades och bemannades.
Efter Sjövärnskårens tillkomst, befarade flottiljerna, med egna fonder, kapital och privata tillhörigheter att staten skulle lägga beslag på dessa. Föreningar bildades på andra håll i landet för att tillvarata dessa privata egendomar.
Den 15 maj 1943 bildades Stockholms Sjövärnsflottiljs Kamratförening för att skydda bland annat ön Klockaruddsholmen, som Stockholms frivilliga motorbåtsflottilj redan 1939 köpte  för tusen kronor av staten efter att sedan början av 1930-talet lånat ön av kronan som bas för flottiljens övningar.

1940 bildades Roslagens frivilliga motorbåtsflotillj, RFMF med basering i Öregrund, denna flottilj slogs samman med Stockholmsflottiljen i samband med avvecklingen av Sjövärnskåren som militärt förband 1981.

1941 genomförde Stockholmsflottiljen sin första ordinarie sommarkurs för ungdomar, efter några olika försöksverksamheter under 1930-talet. 45 aspiranter kom till Klockaruddsholmen den 15 juli, för att genomföra en utbildning som till stora delar innehöll samma moment som vi gör än idag.

Stockholms Kustartilleribefälsförening bildades 1951 av några personer som tjänstgjort tillsammans under beredskapen. De hade svetsats samman under beredskapsåren och såg ett behov av att komma samman och samtidigt passa på att förkovra sig inom ramen för det frivilliga försvaret. Föreningen växte och skapade bl.a. en ungdomsavdelning, U KA 1, som fostrat många blivande KA-officerare. Sina glansdagar hade KA-befälsförening under -60 och –70 talen, mycket beroende på dåtidens omvärld som av många upplevdes som mycket orolig och osäker.

Efter att sedan starten tillhört FBU (Frivillig befälsutbildning) så anslöt sig KA-befälsförening till Sjövärnskårernas Riksförbund 1990, då den Marina inriktningen kändes mer naturlig än FBU:s Armé-tillhörighet.

2010 gick Stockholms Sjövärnskår och Stockholms Kustartilleri- och Amfibiebefälsförening samman och bildade Sjövärnskåren Stockholm – Sveriges idag största lokala Sjövärnskår!